Au sein de chaque intercommunalité membre, des élus sont désignés pour siéger au conseil syndical, et assurent le relais entre les collectivités adhérentes et le syndicat.
En fonction de l’emprise et de la population des intercommunalités sur le Bassin Versant, 1 à 11 élus titulaires et autant de suppléants sont nommés pour chaque intercommunalité.