La gestion de cet espace complexe qu’est le lac de Grand-Lieu nécessite un effort permanent de concertation pour limiter les conflits d’usage.
Par l’intermédiaire du Préfet de Loire-Atlantique et de ses services, l’Etat est le garant de l’application des diverses réglementations concernant le lac. Le Préfet réunit occasionnellement une cellule de gestion des niveaux d’eau.
La réserve nationale (2 700 ha), propriété du Conservatoire du littoral est gérée par la Société Nationale de Protection de la Nature (SNPN).
La réserve régionale (650 ha), propriété de la Fondation pour la protection des habitats de la faune sauvage, est gérée par la Fédération départementale des chasseurs de Loire Atlantique.
Chacune de ces 2 réserves s’appuie sur un plan de gestion pluriannuel qui guide leurs actions.
Les prés-marais situés principalement au sud et au sud-ouest du lac sont exploités par fauche et pâturage pour la production bovine. Les éleveurs sont regroupés au sein de l’Association de sauvegarde des marais.
En bordure sud - Est du lac, des producteurs irrigants (maïs, légumes de plein champ, maraîchage…) bénéficient de la ressource en eau qu’apportent le lac et sa nappe d’alimentation.
7 pêcheurs professionnels exercent actuellement (2018) sur le lac. Ils sont regroupés en société coopérative. Leur pêche vise surtout la capture des poissons « nobles » : anguille (dont la capture est réglementée par le plan anguille européen), sandre, brochet, perche…L’écrevisse de Louisiane, arrivée à Grand-Lieu vers la fin des années 1990, fait aussi l’objet d’une capture à visée commerciale à l’aide d’une autorisation préfectorale.
L’engin de pêche principal est le verveux, filet de faible hauteur qui guide les poissons (et les écrevisses) vers une poche finale.
La chasse au gibier d’eau se pratique à l’extérieur des 2 réserves naturelles, dans les prés-marais et sur les nombreux petits plans d’eau situés en périphérie du lac.
En lien avec les communes riveraines du lac, il est chargé de mettre en œuvre le SAGE, et notamment d’effectuer les travaux d’entretien en marais. Il est aussi opérateur Natura 2000.
Ils sont organisés au sein de la Société du Canal de Buzay.
La connexion hydraulique entre la Loire et le marais breton se fait au d’une succession d’ouvrages hydrauliques, géré par le Syndicat d’Aménagement Hydraulique Sud Loire (SAH). Le vannage de Bouaye, qui permet de réguler l’évacuation de l’eau du Lac de Grand Lieu par l’Acheneau est exploité par le SAH.
Ces divers usagers se concertent pour trouver un compromis sur les niveaux d’eau. L’Etat joue le rôle d’arbitre et le Syndicat Hydraulique Sud-Loire (SAH) applique les décisions prises, en veillant à ne pas trop impacter les marais situés à l’aval.