Depuis 2018, dans le cadre de la Gestion des milieux aquatique et prévention des inondations (GEMAPI), le Syndicat du Bassin Versant de Grand Lieu est un syndicat mixte composé de 9 intercommunalités. Au total, 42 communes réparties sur les départements de la Vendée (85) et de la Loire Atlantique (44) sont sur son territoire.
Le syndicat est administré par un conseil syndical composé de 39 élus et leurs suppléants. Cet organe délibérant se réunit au minimum 3 fois par an pour mettre en œuvre les actions, suivre leur avancement, et décider les nouvelles orientations. Egalement, il vote le budget et approuve les comptes.
Le conseil syndical élit parmi ses membres un Président, deux Vice-Présidents, et 12 membres qui constituent le bureau. Le Bureau a pour objectif de définir les orientations du Syndicat et de préparer les conseils syndicaux. Il peut également être consulté lorsqu’une une réflexion préalable ou un positionnement politique urgent sont nécessaires.